Risorse Hardware

L’infrastruttura ICT dedicata alla Bioinformatica si compone di vari server e cluster, ognuno dedicato ad un particolare compito come calcolo computazionale di tipo HPC e HTC, database server e server web/web-service per la diffusione alla comunità scientifica dei tool bioinformatici (banche dati e software) sviluppate dai componenti dell’unità di ricerca.

In dettaglio l’infrastruttura server è composta da più di 100 CPU-core (1 server è equipaggiato anche con due schede GPU Tesla per applicativi in ambiente CUDA), circa 200Gb RAM e più di 80TB di spazio disco.

Inoltre un cluster, composto da 5 nodi, è direttamente collegato al pyrosequencer Roche 454 ed è dedicato alla elaborazione dei dati prodotti dal sequenziamento.

Tutti i server e cluster sono equipaggiati con il sistemi operativi open source GNU/Linux quali CentOS/Ubuntu/Fedora e sono ospitati nei locali della sala C.E.D. dell’Area di Ricerca del CNR di Bari.

La connettività ad internet è garantita dall’Area di Ricerca di Bari che è direttamente connessa ad un nodo PoP GARR (100Mbsp).

Risorse Software

Diversi framework, pacchetti e software bioinformatici sono installati nei server dell’infrastruttura.

Oltre ai generici software (come Emboss, Blast, NCBI toolkit, etc) ed agli ambienti di sviluppo tipicamente bioinformatici (come BioPerl, BioPython, BioJava, R/Bioconductor, etc), sui server sono installati vari software e ambienti utili per la gestione e l’analisi di dati di piattaforme di Next Generation Sequencing (come SAMTools, Chipster, 454 Sequencing System Software, Bowtie, etc.)

Indirizzi

Il tutto è disponibile presso i seguenti indirizzi:

http://bioinformatics.ba.itb.cnr.it

ftp://ftp.ba.itb.cnr.it