Bioinformatica
Progettazione e sviluppo di algoritmi, workflow e pipeline di analisi
Progettazione e sviluppo di algoritmi specializzati per l’analisi massiva di sequenze genomiche e trascrittomiche.
Sviluppo di pipeline bioinformatiche per l’analisi di dati provenienti da sequenziamento massivo, in particolare per studi trascrittomici.
Applicazioni di tecnologie di machine learning e data mining per lo sviluppo di software per il data discovery applicato a studi di tipo funzionale-predittivo.
Sviluppo e manutenzione di portali web e applicazioni web per permettere alla comunità scientifica la fruizione pubblica dei software bioinformatici sviluppati.
Coordinatori: Dr Giorgio Grillo e Dr Arianna Consiglio
Studio delle interazione Cross-Kingdom fra miRNA vegetali e uomo
Sviluppo di pipelines per l’analisi delle regioni seed dei miRNA e l’individuazione di analoghi funzionali fra miRNA di uomo e pianta.
Analisi bioinformatiche per la predizione di siti target per miRNA, progettazione e sviluppo di database specializzati e analisi di gene network.
Referente: Dr Domenico Catalano
Progettazione e sviluppo di banche dati biologiche e BigData integration
Progettazione e sviluppo di banche dati relazionali specializzate e relative interfacce web per la loro pubblica consultazione, interrogazione ed estrazione dati.
Gestione ed integrazione di dati biologici e clinici (BigData) mediante lo sviluppo e l’implementazione di data-warehouse, database federati e altre tecnologie di integrazione dati.
Coordinatore: Dr Vito Flavio Licciulli
Analisi bioinformatica e biostatistica di dati prodotti tramite piattaforme di Next-Generation Sequencing (NGS) e microarray
Analisi di dati di trascrittomica (analisi dell’espressione differenziale, ricerca di varianti di splicing), genomica (ricerca di varianti strutturali).
Analisi trascrittomica di non-coding RNA (miRNA e lncRNA).
Coordinatore: Dr Arianna Consiglio
Applicazione di metodi di Intelligenza Computazionale ai dati sperimentali
Analisi di dati NGS tramite tecniche di Intelligenza Computazionale, quali le reti neurali, gli algoritmi genetici, i sistemi basati su logica fuzzy. Particolare attenzione è data all’utilizzo di tecniche di XAI (eXplainable Artificial Intelligence).
Referente: Dr Arianna Consiglio
Data discovery e gene network reconstruction tramite applicazioni di tecnologie di data mining e transfer learning per la caratterizzazione funzionale di ncRNA nella regolazione genica, signaling pathway in condizioni fisiologiche e patologiche.
Referente: Dr Domenica D’Elia
Tecnologie Omiche
Nutrigenomica
Studio degli effetti dell’assunzione di uva sul metabolismo cellulare umano in soggetti sani in collaborazione con il CREA-VE di Turi (BA), tramite analisi trascrittomica di cellule mononucleate del sangue periferico e pathway analysis.
Analisi statistica e bioinformatica dei dati e caratterizzazione funzionale delle variazioni del metabolismo cellulare tramite strumenti di analisi funzionale in silico (Gene Ontology, pathway enrichment, gene- e protein-protein interaction network).
Coordinatore: Dr Domenica D’Elia
Studio degli effetti dei miRNA di piante su linee cellulari tumorali umane
Studio degli effetti di micro RNA di piante, assunti tramite la dieta, sulla regolazione dell’espressione genica in cellule tumorali umane tramite trasfezione in vitro e analisi del trascrittoma.
Validazione e analisi funzionale tramite RT-qPCR, saggi di proliferazione cellulare, saggi di luciferasi, analisi del ciclo cellulare e apoptosi. Analisi statistica e bioinformatica dei dati e caratterizzazione funzionale delle variazioni del metabolismo cellulare tramite strumenti di analisi funzionale in silico (Gene Ontology, pathway enrichment, gene- e protein-protein interaction network).
Coordinatore: Dr Domenico Catalano
Le Vescicole Extra Cellulari (EV) nelle malattie RARE NEUROLOGICHE
Studio dei profili trascrittomici e proteomici nelle EV (esosomi e microvescicole) isolate da siero e liquido cerebrospinale di pazienti affetti da malattie neurologiche rare mediante l’impiego di tecnologie omiche avanzate.
Coordinatore: Dr Maria Liguori
Studio di profili molecolari associati a malattie multifattoriali neurologiche e a loro aspetti fenotipici.
In malattie neurologiche come SM, SLA, SMA: caratterizzazione del profilo trascrittomico e identificazione di reti di co-regolazione complesse tra miRNA e fattori di trascrizione (FT).
Validazione funzionale in vitro delle correlazioni tra reti geniche miRNA-target, feedback miRNA-FT e circuiti feed-forward e le vie molecolari coinvolte, attraverso l’applicazione dei principali metodi di ingegneria genetica e biologia molecolare.
Coordinatore: Dr Maria Liguori
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