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Vito Flavio Licciulli

ORCID: 0000-0002-1861-8947
ResearcherID: B-8984-2015

Vito Flavio Licciulli obtained a degree in Computer Science at University of Bari in 1992 (110/110).

Since 1994 he is involved in Bioinformatics with the Bari BioInformatics Group and he is currently a researcher at the C.N.R.- Institute for Biomedical Technologies (ITB), Bari (Italy).

He is author/coauthor of more than 40 papers in international journals in the field of Bioinformatics, he has been involved in more 20 national and international project both as participant and as a Principal Investigator, and he has played in several lectures in Bioinformatics courses/masters.

Since September 2020 he is the Responsibile of Bari’s secondary unit of the Institute for Biomedical Researches.

His main research activities are:

  • design, development and maintenance of specialized biological databases, sequence reference databases, biobanks management and associated web interfaces for their public use, querying and data retrieval
  • management and integration of large amounts of biological (Omics) and clinical data (BigData) through the development and implementation of data-warehouses, federated databases and other data integration tools
  • development of advanced computational bioinformatics pipelines for the analysis of high-throughput sequencing data, in particularly for transcriptomics studies
  • development of web portals and web applications for the user-friendly use of bioinformatics software developed by the group or by external collaboration

He actively partecipate in:

  • ELIXIR ESFRI bioinformatics infrastructure activities in Interoperability platform, Data Manager Expert Group and as Local Technical Coordinator for CNR-Bari
  • the Apulia Biobanks working group constituted by AReSS-Regione Puglia

Vito Flavio Licciulli si è laureato in Scienze dell’Informazione presso l’Università degli Studi di Bari nel 1992, con votazione 110/110, discutendo la tesi dal titolo: “Realizzazione di un sistema di interscambio dati tra ambienti CASE”.

Dal 1994 ha inizio la collaborazione con il gruppo di Bioinformatica di Bari del CNR occupandosi delle banche dati di biosequenze. Attualmente è ricercatore presso il CNR – Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB), sede di Bari.

È Responsabile della Sede Secondaria dell’Istituto di Tecnologie Biomediche di Bari da settembre 2020

Le sue principali linee di ricerca scientifica e tecnologiche sono:

  • Progettazione, sviluppo e manutenzione di banche dati biologiche specializzate, di sequenze di riferimento, di gestione biobanche e relative interfacce web per la loro pubblica consultazione, interrogazione ed estrazione dati
  • Gestione ed integrazione di grandi quantità di dati biologici e clinici (BigData) mediante lo sviluppo e l’implementazione di data-warehouse, database federati e altre tecnologie di integrazione dati;
  • sviluppo di complesse pipeline bioinformatiche per l’analisi di dati provenienti da sequenziamento massivo, in particolare per studi trascrittomici;
  • sviluppo e manutenzione di portali web e applicazioni web per il pubblico utilizzo alla comunità scientifica dei software bioinformatici sviluppati dal gruppo o in collaborazione.
    Inoltre, partecipa attivamente alle attività:
  • dell’infrastruttura di ricerca europea ELIXIR nella piattaforma Interoperability, nel Data Manager Expert Group e come Local Technical Coordinator di CNR-Bari
  • del gruppo di lavoro sulla organizzazione delle Biobanche Pugliesi per la crio-conservazione del materiale biologico istituito dall’AReSS-Regione Puglia.

E’ autore/coautore di più 40 articoli su riviste internazionali nel settore della Bioinformatica, ha partecipato a circa 20 progetti internazionali, nazionali e regionali di cui alcuni come “Principal Investigator” per l’ITB, ed ha svolto docenze di Bioinformatica in diversi corsi/master.

Andreas Gisel

Andreas Gisel is a Bioinformatician with a Diploma and PhD in Natural Science (specialized in Molecular Biology) from the Swiss Federal Institute of Technology Zürich, Switzerland.

He has more than 10 years’ experience in molecular biology accumulated during his PhD, working for 4 years at UC Berkeley, USA and 2 years at Friedrich Miescher Institute (a Novartis foundation) in Basel, Switzerland.

Over time he specialized in Bioinformatics working at Novartis SA in Basel, Switzerland, focusing on cancer research and last at the Institute for Biomedical Technologies, Bari, Italy, specializing in plant-virus interaction.

Over the last 20 years he developed skills in Next Generation Sequence data analysis, biological databases, and also has a long-standing experience in teaching. He was working for 3 years at the International Institute of Tropical Agriculture (IITA) Ibadan, Nigeria and continues offering consultancy up to date.

During this time at IITA he has been working with cassava, yam, and maize on gene expression analysis. He was responsible for several projects on cassava improvement and looking at molecular features to propose biotechnological approaches to increase yield, starch content, and virus resistance and to improve food quality by biofortification.

His contats here at Bari’s offices of the Institute for Biomedical Technologies are:

Angelica Tulipano

Angelica Tulipano Laureata in Fisica all’Università di Bari nel 2003, collabora dal 2004 con l’Istituto di Tecnologie Biomediche.

Ha conseguito il PhD in fisica in collaborazione con l’INFN nel 2008 con una tesi dal titolo ‘Una metodologia basata su algoritmi di clustering per l’analisi globale dei dati di microarray’.

L’attività di ricerca svolta nel campo bio-informatico finora ha riguardato l’utilizzo della Gene Ontology per la ricerca di analogia funzionale tra prodotti genici che ha portato alla pubblicazione del seguente lavoro:

Gene analogue finder: a GRID solution for finding functionally analogous gene products
A. Tulipano, G. Donvito, F. Licciulli, G. Maggi and A. Gisel
BMC Bioinformatics 2007, 8:329

Altre attività riguardano l’analisi di dati da microarray con tecniche di clustering, che recentemente ha portato alla pubblicazione di:

GRID distribution supports clustering validation of large mixed microarray data
A. Tulipano, C. Marangi, L. Angelini, G. Donvito, G. Cuscela, G. Maggi and A. Gisel
2011 – EMBnet.journal, vol 17, No 1

e l’analisi di dati di sequenziamento massivo con tecniche Next Generation Sequencing, in particolare la creazione di workflow per l’analisi di sequenze di small RNA.

Dal 1° Agosto 2016 ha concluso le sue attività con il CNR, diventando un’insegnante a tempo pieno del MIUR.


[English version]

I’m graduated in Physics in 2003 at the University of Bari.

I have terminated my PhD in 2008 in Physics with a theses on ‘A methodology based on clustering algorithms for a global analysis on microarray data’.

Since 2004 I’m working in collaboration with the ITB on different bioinformatics topics: the use of Gene Ontology to evaluate functional analogies between gene products, the analysis of microarray data and lately the creation of a workflow for the analysis of massive Next Generation Sequencing data.

1st Aug. 2016 Angelica leaved CNR for a full time position at MIUR.

Elda Perlino

Elda Perlino is actually Senior Scientist at the CNR Biomedical Technologies Institute (ITB) via Amendola 122/D, Bari, Italy.

Starting from 1983 during a 3 years stage at the EMBL (Heidelberg-Germany) in the Molecular Biology Laboratory directed by Prof. R. Cortese, she has been involved in studies concerning the molecular basis of human proliferative diseases by investigating the regulation of expression of growth and adhesion factors in normal and neoplastic cells.

Actually her research activity is focalized on the study concerning the molecular characterization of cell malignant transformation in an in vivo model system of human tissues with particular attention to the regulation of expression of tumour suppressor-like factors in hormonally regulated human carcinoma, such as thyroid, prostate, mammary and endometrial carcinoma.

Up to now she has published 46 scientific publications (ISI) and 10 books with international editorial board.

You can find more on her personal website HERE.