Archivio Tag: bioinformatica

É indetta una selezione pubblica, per titoli e colloquio, per il conferimento di n. 1 Tipologia di Assegno: “Assegni Professionalizzanti” per lo svolgimento di attività di ricerca inerenti l’Area Scientifica “Scienze Biomediche” da svolgersi presso l’Area di Ricerca del CNR di Bari – Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB), via Amendola, 122 – 70126 Bari sulla seguente tematica di ricerca: 

Installazione, configurazione e mantenimento di una infrastruttura cloud, basata su Open Stack, e HPC in ambito bioinformatico. Sviluppo, ottimizzazione e supporto dell’Infrastruttura federata per servizi di Cloud Computing e calcolo ad alte prestazioni (HPC). L’attività riguarderà in particolare la progettazione, realizzazione e gestione di sistemi di sharing delle risorse di calcolo e di accodamento dei lavori utente sia con sistemi batch tradizionali che con tecnologie di virtualizzazione/cloud e orchestratori nell’ambito del Progetto CIR01_00017 – “CNRBiOmics – Centro Nazionale di Ricerca in Bioinformatica per le Scienze “Omiche” 

sotto la responsabilità scientifica del dott. Licciulli Vito Flavio.

Durata e importo dell’assegno

L’assegno di ricerca avrà una durata di 12 mesi rinnovabile fino a 24 mesi e, a seguito di eventuali rinnovi, non potrà comunque avere una durata complessiva superiore a sei anni, come risultante dal combinato disposto dell’art. 22, comma 3, della legge 240/2010 e dell’art. 6, comma 2 bis, della L. 27 febbraio 2015 n. 11, di conversione del D.L. 31 dicembre 2014 n. 192, ad esclusione del periodo in cui l’assegno è stato fruito in coincidenza con il dottorato di ricerca, nel limite massimo della durata legale del relativo corso.

L’importo dell’assegno di ricerca, corrisposto in rate mensili posticipate, è stabilito in euro 19.367,00 annui al netto degli oneri a carico del CNR.
L’importo non comprende l’eventuale trattamento economico per missioni in Italia o all’estero che si rendessero necessarie per l’espletamento delle attività connesse all’assegno di ricerca. Il trattamento economico di missione è determinato nella misura corrispondente a quella spettante ai dipendenti del CNR inquadrati al III livello professionale.
L’assegnista è coperto da una polizza infortuni cumulativa sottoscritta dal CNR.
Il contraente svolge l’attività in condizione di autonomia, nei limiti del programma predisposto dal responsabile della ricerca, senza orario di lavoro predeterminato.

Requisiti per l’ammissione alla selezione

Premesso che per la tipologia “Assegno di ricerca grant” si farà riferimento ai requisiti peculiari di cui agli specifici programmi di ricerca, possono partecipare alla selezione i soggetti che, a prescindere dalla cittadinanza, siano in possesso dei seguenti requisiti alla data di scadenza del termine per la presentazione delle domande di ammissione:

  1. Laurea vecchio ordinamento in Informatica, Ingegneria Informatica, Scienze dell’Informazione, Ingegneria Elettronica, Ingegneria delle Telecomunicazioni, Fisica, Matematica o delle lauree specialistiche o magistrali in tutte le classi equiparate ai sensi del Decreto Interministeriale 9 luglio 2009 o analogo titolo di studio estero.essere titolari di diploma di laurea (ante D.M. 509/99) o laurea specialistica (D.M. 509/99), o laurea magistrale (D.M. 270/04) in: Matematica (LM40), Fisica (LM17), Informatica (LM18), Scienze dell’Informazione, Ingegneria Informatica (LM32), Ingegneria Elettronica (LM29), Ingegneria Biomedica (LM21), Biotecnologie Industriali (LM08), Biologia (LM06), Biotecnologie Mediche (LM09), Tecnologie Farmaceutiche, di curriculum professionale idoneo allo svolgimento di attività di ricerca, così come dettagliata nell’Allegato B;
    tutti i titoli conseguiti all’estero (laurea, dottorato ed eventuali altri titoli) dovranno essere, di norma, preventivamente riconosciuti in Italia secondo la legislazione vigente in materia (informazioni sul sito del Ministero dell’Università e della Ricerca Scientifica: www.miur.it).
    L’equivalenza dei predetti titoli conseguiti all’estero che non siano già stati riconosciuti in Italia con la prevista procedura formale predetta, verrà valutata, unicamente ai fini dell’ammissione del candidato alla presenteselezione, dalla commissione giudicatrice costituita ai sensi dell’art. 6, comma 1 del Disciplinare;
  2. conoscenze/competenze specialistiche possedute e rilevanti ai fini del conseguimento degli obiettivi che l’Infrastruttura di Ricerca intende conseguire. Il candidato dovrà possedere conoscenze / competenze in: GNU/Linux Operating System administration; principali linguaggi di programmazione per il calcolo scientifico su infrastrutture distribuite; principali strumenti per la realizzazione di infrastrutture cloud e ambienti virtuali, in particolare OpenStack; principali strumenti per High Performance Computing, quali sistemi di code e monitoraggio.
    Sono inoltre considerati titoli preferenziali l’aver maturato competenze e/o esperienze nell’ambito di: containerization management (es. Docker) e orchestrazione di containers (Docker, Swarm, Kubernetes); utilizzo di Source code repositories come Git, SVN; conoscenza di Networking, TCP-IP, Routing, Switching, Firewalls, Load balancers ed altri componenti infrastrutturali.
    Il candidato dovrà possedere esperienza documentata da pubblicazioni scientifiche, nelle qualificazioni richieste.
  3. attinenza dell’attività svolta negli ultimi 2 anni con le aree prioritarie individuate nell’ambito della Strategia Nazionale di Specializzazione Intelligente (SNSI) e della programmazione ministeriale per la ricerca nel periodo 2014-2020;
  4. pregresse collaborazioni con istituzioni scientifiche pubbliche e private;
  5. conoscenza della lingua inglese;
  6. conoscenza della lingua italiana (solo per i candidati stranieri)

L’assegno di ricerca non è cumulabile con altri assegni di ricerca e borse di studio.

Domande di ammissione e modalità per la presentazione

La domanda di partecipazione redatta esclusivamente utilizzando il modulo (allegato A), dovrà essere inviata all’Istituto di Tecnologie Biomediche presso l’Area di Ricerca del CNR di Bari esclusivamente tramite Posta Elettronica Certificata (PEC) da un account personale del candidato al seguente indirizzo: protocollo.itb@pec.cnr.it entro il 20/05/2022 ore 16.00. Qualora il termine di presentazione delle domande venga a cadere in un giorno festivo, detto termine si intende protratto al primo giorno non festivo immediatamente seguente. Le domande inoltrate dopo il termine fissato e quelle che risultassero incomplete non verranno prese in considerazione. Nell’oggetto della mail dovrà essere indicato il riferimento all’avviso di selezione n° 01/2022/ITB/BA- CIR_CNRBIOMICS (Evitare di indicare caratteri speciali sia nell’oggetto della mail che nei nomi dei files pdf allegati alla stessa).

Le domande inviate per via telematica e le certificazioni ai sensi del DPR 445/2000, saranno considerate valide se l’autore è identificato dal sistema informatico attraverso le credenziali di accesso relative all’utenza personale di Posta Elettronica Certificata.

Solo per i Cittadini stranieri residenti all’estero oppure residenti in Italia ma non legittimati all’attivazione della PEC e per i Cittadini italiani residenti all’estero l’invio della domanda e delle dichiarazioni di cui al successivo comma 5, potrà essere effettuato con posta elettronica ordinaria (si faccia riferimento al PDF del bando allegato più sotto).

Alla domanda dovrà essere allegato in formato PDF il curriculum sottoforma di autocertificazione, compilato ai sensi degli artt. 46 e 47 del DPR 445/2000 e s.m.i. (Allegato B), sottoscritto dal candidato recante, prima della firma autografa, l’espressa annotazione circa la consapevolezza delle sanzioni penali nelle quali il candidato incorre per dichiarazioni mendaci, accompagnato da copia di un documento di riconoscimento in corso di validità (art. 76 DPR445/2000).
Tale documento in originale, sottoscritto con firma leggibile, dovrà essere presentato per l’identificazione in occasione del colloquio di cui al successivo art. 7, non potrà essere presentato un documento diverso.

Alla domanda dovrà essere allegato in formato PDF il modulo (Allegato C), concernente l’informativa sul trattamento dei dati personali resa ai sensi del Regolamento (UE) n. 2016/679; il suddetto modulo dovrà essere compilato, datato e sottoscritto dal candidato con firma autografa leggibile.

Tutte le comunicazioni inerenti il presente concorso saranno inviate all’indirizzo PEC dei candidati, il CNR non assume responsabilità per eventuali disservizi di connessione della rete.

DOCUMENTAZIONE

Si prega di far riferimento alla documentazione allegata contenente tutte le informazioni e modalità di partecipazione e di esclusione relative al bando e all’incarico.

É indetta una selezione pubblica, per titoli e colloquio, per il conferimento di n.1 Assegno Professionalizzante per lo svolgimento di attività di ricerca inerenti l’Area Scientifica “Scienze Biomediche” da svolgersi presso l’Istituto di Tecnologie Biomediche sede secondaria di Bari del CNR per la seguente tematica:

Un approccio multidisciplinare per la ricerca di biomarcatori molecolari orientati alla valutazione del profilo rischio/beneficio nel trattamento dell’Atrofia Muscolare Spinale

sotto la responsabilità scientifica della Dr.ssa Maria Liguori.

Durata e importo dell’assegno

L’assegno di ricerca avrà una durata di 1 (UNO) anno e, a seguito di eventuali rinnovi, non potrà comunque avere una durata complessiva superiore a quattro anni, come previsto dall’art. 22 comma 3 della legge 240/2010, ad esclusione del periodo in cui l’assegno è stato fruito in coincidenza con il dottorato di ricerca, nel limite massimo della durata legale del relativo corso.

L’importo dell’assegno di ricerca, corrisposto in dodici rate mensili posticipate, è stabilito in Euro 19.367,00 al netto degli oneri a carico del CNR (assegno professionalizzante, art.9 c.3,4 del disciplinare).

Requisiti per l’ammissione alla selezione

Possono partecipare alla selezione i soggetti che, a prescindere dalla cittadinanza e dall’età, siano in possesso dei seguenti requisiti alla data di scadenza del termine per la presentazione delle domande di ammissione:

Laurea Magistrale o Specialistica di cui al D.M. 270/04 o Diploma di Laurea conseguito secondo la normativa in vigore anteriormente al D.M. 509/99, in Biologia Cellulare e Molecolare (classe LM06) conseguite presso Università o Istituti Superiori Italiani o titolo analogo presso Università o Istituti Superiori stranieri dichiarato equipollente da una Università o Istituto Superiore Italiano o dal Ministero dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca (MIUR), e curriculum professionale idoneo allo svolgimento di attività di ricerca. Tutti i titoli conseguiti all’estero (diploma di laurea, dottorato ed eventuali altri titoli) dovranno essere, di norma, preventivamente riconosciuti in Italia secondo la legislazione vigente in materia (informazioni sul sito del Ministero dell’Università e della Ricerca Scientifica: www.miur.it).

aggiornamento: con il provvedimento di integrazione pubblicato il 7/7/2021 sono altresì ammesse le seguenti classi di laurea: Biotecnologie, Biotecnologie Mediche e Medicina Molecolare (LM09), Farmacia, Chimica e Tecnologie Farmaceutiche (LM13)

Inoltre si richiedono:

  • Esperienza nell’ambito della ricerca biomedica e in particolare nella caratterizzazione di biomarcatori molecolari (small non-coding RNAs) a partire da fluidi biologici (es. sangue periferico, liquor cefalorachidiano);
  • Esperienza nell’utilizzo di metodologie di low e high-throughput per l’analisi di espressione genica quali RT-qPCR, microarray e Next-Generation Sequencing;
  • Conoscenza di tecniche di biologia cellulare (es. saggi di Luciferasi);
  • Conoscenza di metodologie per la purificazione di vescicole extracellulari e la loro caratterizzazione in termini di dimensione e di contenuto;
  • Conoscenza degli strumenti bioinformatici per l’analisi funzionale dei dati di Next Generation Sequencing;
  • Conoscenza della lingua inglese;
  • Conoscenza della lingua italiana (solo per candidati stranieri);

Domande di ammissione e modalità per la presentazione

La domanda di partecipazione redatta esclusivamente utilizzando il modulo (allegato A), dovrà essere inviata all’Istituto, esclusivamente tramite Posta Elettronica Certificata (PEC) all’indirizzo: protocollo.itb@pec.cnr.it entro le ore 16,00 del 19/07/2021.
Per una corretta ricezione della Pec, è necessario che il riferimento del bando di selezione da indicare nell’oggetto della Pec non contenga caratteri speciali.

Qualora il termine di presentazione delle domande venga a cadere in un giorno festivo, detto termine si intende protratto al primo giorno non festivo immediatamente seguente. Le domande inoltrate dopo il termine fissato e quelle che risultassero incomplete non verranno prese in considerazione.

DOCUMENTAZIONE

Si prega di far riferimento alla documentazione allegata contenente tutte le informazioni e modalità di partecipazione e di esclusione relative al bando e all’incarico.

L’infrastruttura BIOforIU è finalizzata allo studio degli organismi viventi e dei meccanismi alla base del mantenimento della biodiversità. BIOforIU nasce dalla fusione di più progetti, ognuno nato con la forza e la dignità di realizzare una infrastruttura indipendente.

L’integrazione realizzata in BIOforIU presenta notevoli valori aggiunti in termini di sinergia e di complementarietà di competenze e di risorse e rappresenta un modello di cooperazione nella direzione indicata dalla Nuova Biologia, dove l’interdisciplinarietà dell’approccio è la risposta alle sfide della crescente complessità dei fenomeni che vengono studiati.

L’infrastruttura è organizzata per nodi distribuiti nelle regioni di Puglia, Campania e Sicilia:

Nodo 1, Lecce (PUGLIA): il nodo è ospitato dall’Università del Salento;

Nodo 2, Bari (PUGLIA) 

Nodo 3, Capo Granitola (SICILIA): il nodo è localizzato presso la sede della UOS di Capo Granitola (Comune di Campobello di Mazzara) dell’Istituto per l’Ambiente Marino Costiero (IAMC) del CNR.

Nodo 4, Napoli (CAMPANIA): il nodo ha sede presso l’Area di Ricerca Napoli 1 del Consiglio Nazionale delle Ricerche; coordina gli interventi di nodo l’Istituto di Biochimica delle Proteine (IBP) in collaborazione con la UOS di Napoli dell’Istituto di Calcolo e Reti ad Alte Prestazioni (ICAR), la UOS di Napoli dell’Istituto di Applicazioni del Calcolo (IAC), la UOS di Napoli dell’Istituto per la Microelettronica e Microsistemi (IMM); partecipano l’Istituto di Genetica e Biofisica Adriano Buzzati Traverso (IGB-AB) e l’Istituto di Endocrinologia e Oncologia Sperimentale (IEOS).

Nodo 5, Napoli (CAMPANIA): gli interventi di potenziamento relativi al nodo 5 coinvolgono la Stazione Zoologica Anton Dohrn nella sua sede.

Il nodo di Bari

Al nodo di Bari partecipano attivamente l’Istituto di Biomembrane e Bioenergetica (IBBE) in collaborazione con l’Istituto di Bioscienze e Biorisorse (IBBR) e l’Istituto di Scienze delle Produzioni Alimentari (ISPA) del CNR con la collaborazione delle Unità Organizzative di Supporto (UOS) del CNR di Bari dell’Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB) e dell’Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante (IPSP).

Il nodo di Bari dispone di uno spazio attrezzato comune per ospitare l’Infrastruttura avanzata per lo Studio della Biodiversità Molecolare, che integra i Laboratori di Genomica e high-throughput sequencing, di Biologia Funzionale e dei Sistemi, la piattaforma Bioinformatica e i Laboratori per la gestione delle collezioni vegetali e microbiche.

Il BiP-Day – “Giornata della Bioinformatica Pugliese” è un evento che si colloca nell’ambito delle iniziative promosse dalla Società Italiana di Bioinformatica (BITS) su base Regionale, per promuovere la comunicazione e la collaborazione multidisciplinare, tra ricercatori e con le imprese locali, su tematiche di ricerca biologica e medica emergenti per le quali la bioinformatica svolge un ruolo trasversale ed essenziale.

Il BiP-Day 2014 rappresenta la seconda edizione di quest’evento organizzato nella Regione Puglia, dopo il successo della precedente edizione. Il workshop si svolgerà a Bari, il 19 dicembre 2014 presso l’Aula Magna “E. Orabona” del Politecnico di Bari.

L’evento prevede relazioni scientifiche selezionate tra i contributi ricevuti nell’ambito delle seguenti aree tematiche: biomedicina, agricoltura, alimentazione e ambiente.

Sul sito dell’evento — http://www.ba.itb.cnr.it/bip-day — sono disponibili maggiori informazioni sulla Sede, sul Programma, l’abstract book ed i singoli Abstract dei vari interventi.

Vi aspettiamo!