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Il COVID-19 Data Portal è il portale voluto dalla Commissione Europea come punto di riferimento per lo scambio dati e prodotti scientifici su COVID-19. Lo scorso febbraio è stata lanciata la versione italiana, federata all’interno del portale europeo, con lo scopo di facilitare la condivisione e l’accesso alle diverse tipologie di dati su COVID-19.

I colleghi dell’Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB – CNR) di Bari Giorgio Grillo e Flavio Licciulli si sono occupati dello sviluppo del software di gestione del portale.
 
Oggi quindi chiunque produca o lavori con i dati della pandemia ha a disposizione un punto di riferimento nazionale sia per reperire risorse e materiali prodotti da altri, sia per condividere i propri risultati e capire come farlo. 

Le caratteristiche principali del portale italiano saranno illustrare nel webinar “ll COVID-19 Data Portal italiano: un punto di riferimento nazionale per i dati della pandemia”, in programma per il 28 aprile 2021, dalle 15 alle 16.30
Saranno presentate le diverse sezioni, le tipologie di dati e relative linee guida. Inoltre si fornirà una panoramica dei servizi offerti e dei possibili modi di interagire con il portale e i suoi curatori.

Registrazione obbligatoria al seguente link: https://us02web.zoom.us/webinar/register/WN_3eccqJAJRpSUGzLF2txqGw

PROGRAMMA

  • Introduce  Emma Lazzeri, ricercatrice CNR-ISTI e GARR
  • Matteo Chiara, ricercatore UniMI e ricercatore associato di  CNR-IBIOM: “SARS-CoV-2 e condivisione dei dati. La situazione nel nostro paese. Focus: dati genomici”. 
  • Federico Zambelli, ricercatore UniMI e ricercatore associato di  CNR-IBIOM, Technical coordinator di ELIXIR-IT: “ELIXIR-IT, il ruolo del nodo italiano dell’infrastruttura europea per i dati biologici nello sviluppo del COVID-19 Data Portal italiano.”.
  • Marco Carraro, Università degli Studi di Padova  “COVID-19 Data Portal Italy, creazione, stato dell’arte, prospettive future” 
  • Discussione

Il webinar fa parte del ciclo “Open Science e COVID-19, collaborare per contrastare la pandemia”.
Per maggiori informazioni è possibile consultare i siti https://www.cnr.it/it/evento/17209 e https://www.openaire.eu/item/open-science-e-covid-19-collaborare-per-contrastare-la-pandemia

COVID-19 Data Portal Italy

Nel mese di febbraio 2021 è andato definitivamente on-line il portale www.covid19dataportal.it.

Il sito si propone di raccogliere ed esporre, in modalità aperta, i dati della ricerca italiana sul virus Sars-CoV-2 e sul Covid-19.

Il portale è uno strumento utile a raccogliere ed esporre i prodotti della ricerca italiana in ambito Covid-19, affinché sia più semplice per tutti accedervi e monitorarne l’andamento. Ad esempio, sono rese disponibili informazioni e statistiche aggiornate su quante sequenze di genomi virali prodotte in Italia siano depositate nelle banche dati pubbliche e sulle “varianti” oggetto di attenzione per le loro potenziali caratteristiche di infettività o patogenicità, mostrandone anche la prevalenza in una determinata area geografica o intervallo temporale. I dati attualmente disponibili evidenziano alcune possibili criticità dal momento che sono molto limitati o del tutto assenti per alcune regioni del nostro Paese. Favorire una più omogenea e capillare produzione e condivisione dei dati è proprio una delle missioni più ambiziose del neonato portale.

Inoltre, il sito mira ad esporre i servizi disponibili in Italia per la produzione di dati e per la loro gestione ed analisi, in modo che siano facilmente individuabili dai ricercatori, offre linee guida e indicazioni pratiche, nonché un servizio di help desk presidiato da esperti, per assistere i produttori italiani di dati nella sottomissione degli stessi presso gli appositi “repository” pubblici riconosciuti a livello internazionale.

L’Italian Covid-19 Data Portal rappresenta l’istanza italiana dell’analogo portale internazionale https://www.covid19dataportal.org realizzato lo scorso aprile dallo European Bioinformatics Institute (EBI, Istituto Europeo di Bioinformatica) su impulso della Commissione Europea, secondo i principi della scienza aperta (Open Science) e del libero accesso ai dati e alla letteratura scientifica (Open Access).

Il nostro Istituto, nelle persone di Giorgio Grillo e del nostro Responsabile di sede Flavio Licciulli si sono occupate dello sviluppo dell’intera piattaforma software per la pubblicazione e gestione dei contenuti. Il prodotto finito è poi stato ospitato sull’infrastruttura tecnologica del partner GARR, all’inteno dell’iniziativa Elixir Italia.


CNR Ufficio Stampa: On-Line il portale italiano dedicato al Covid-19

Nonostante le iscrizioni siano chiuse da giorni, siamo lieti di informarvi che ci sono disponibilità di posti per assistere liberamente al workshop cui diversi membri della sezione barese del nostro Istituto hanno lavorato nelle scorse settimane:

NGS and non-coding RNA data analysis →

Ricordiamo che l’evento è promosso da COST, SeqAhead, AllBioinformatics ed Enteromics che si terrà a Bari 2013 da (domani) 17 aprile sino al 18; con la ciliegina finale di un hack-a-thon nella giornata di venerdì 19.
Vi aspettiamo tutti presso l’Hotel Excelsior di Bari, in via Giulio Petroni 15.

Al seguente link è possibile scaricare direttamente una copia del programma.

Vito Flavio Licciulli

ORCID: 0000-0002-1861-8947
ResearcherID: B-8984-2015

Vito Flavio Licciulli obtained a degree in Computer Science at University of Bari in 1992 (110/110).

Since 1994 he is involved in Bioinformatics with the Bari BioInformatics Group and he is currently a researcher at the C.N.R.- Institute for Biomedical Technologies (ITB), Bari (Italy).

He is author/coauthor of more than 40 papers in international journals in the field of Bioinformatics, he has been involved in more 20 national and international project both as participant and as a Principal Investigator, and he has played in several lectures in Bioinformatics courses/masters.

Since September 2020 he is the Responsibile of Bari’s secondary unit of the Institute for Biomedical Researches.

His main research activities are:

  • design, development and maintenance of specialized biological databases, sequence reference databases, biobanks management and associated web interfaces for their public use, querying and data retrieval
  • management and integration of large amounts of biological (Omics) and clinical data (BigData) through the development and implementation of data-warehouses, federated databases and other data integration tools
  • development of advanced computational bioinformatics pipelines for the analysis of high-throughput sequencing data, in particularly for transcriptomics studies
  • development of web portals and web applications for the user-friendly use of bioinformatics software developed by the group or by external collaboration

He actively partecipate in:

  • ELIXIR ESFRI bioinformatics infrastructure activities in Interoperability platform, Data Manager Expert Group and as Local Technical Coordinator for CNR-Bari
  • the Apulia Biobanks working group constituted by AReSS-Regione Puglia

Vito Flavio Licciulli si è laureato in Scienze dell’Informazione presso l’Università degli Studi di Bari nel 1992, con votazione 110/110, discutendo la tesi dal titolo: “Realizzazione di un sistema di interscambio dati tra ambienti CASE”.

Dal 1994 ha inizio la collaborazione con il gruppo di Bioinformatica di Bari del CNR occupandosi delle banche dati di biosequenze. Attualmente è ricercatore presso il CNR – Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB), sede di Bari.

È Responsabile della Sede Secondaria dell’Istituto di Tecnologie Biomediche di Bari da settembre 2020

Le sue principali linee di ricerca scientifica e tecnologiche sono:

  • Progettazione, sviluppo e manutenzione di banche dati biologiche specializzate, di sequenze di riferimento, di gestione biobanche e relative interfacce web per la loro pubblica consultazione, interrogazione ed estrazione dati
  • Gestione ed integrazione di grandi quantità di dati biologici e clinici (BigData) mediante lo sviluppo e l’implementazione di data-warehouse, database federati e altre tecnologie di integrazione dati;
  • sviluppo di complesse pipeline bioinformatiche per l’analisi di dati provenienti da sequenziamento massivo, in particolare per studi trascrittomici;
  • sviluppo e manutenzione di portali web e applicazioni web per il pubblico utilizzo alla comunità scientifica dei software bioinformatici sviluppati dal gruppo o in collaborazione.
    Inoltre, partecipa attivamente alle attività:
  • dell’infrastruttura di ricerca europea ELIXIR nella piattaforma Interoperability, nel Data Manager Expert Group e come Local Technical Coordinator di CNR-Bari
  • del gruppo di lavoro sulla organizzazione delle Biobanche Pugliesi per la crio-conservazione del materiale biologico istituito dall’AReSS-Regione Puglia.

E’ autore/coautore di più 40 articoli su riviste internazionali nel settore della Bioinformatica, ha partecipato a circa 20 progetti internazionali, nazionali e regionali di cui alcuni come “Principal Investigator” per l’ITB, ed ha svolto docenze di Bioinformatica in diversi corsi/master.